המשכן, המוקדש לאל הרפואה אסקלפיוס, מהווה חלק ממתחם מבני אגורה בחלקו הצפוני של הפארק ולמרבה הצער מכיל מעט שרידים ארכיטקטוניים. הוא ממוקם צפונית לאודאון העתיק; אליו היה כנראה מחובר במסדרון צר. המבנה כלל שלושה חדרים, ולמרכזי שבהם הייתה רצפה מקושתת. פנים המבנה היה מעוצב בעושר רב כפי שמעידים שברי ציורי קיר הרבים שהתגלו במהלך חפירות באזור. סוגיית תיארוך המשכן נחשבת כיום בעייתית לא פחות מזו של האודאון הקדום. שני המבנים, כמו גם האגורה העתיקה, שנחשבת מודרנית, מתוארכים על ידי החוקרים הראשונים כמבנים מתקופה הרומית. יחד עם זאת, החפירות הארכיאולוגיות האחרונות שנערכו באזור אגורה חשפו ממצאים הלניסטיים קדומים יותר. ממצאים אלה עוררו חשש באם לפיכך ניתן לתארך את אסקלפיוס והאודאון לאותה תקופה.