Im Hafen von Nea (Neu -) Paphos, in der Nähe der mittelalterlichen Burg, finden wir die Ruinen einer frühchristlichen Basilika aus dem Ende des 4. – Anfang des 5. Jahrhunderts. Es gehört zum architektonischen Typ der dreischiffigen Basilika und hatte ein Narthex und ein Äußeres am westlichen Ende, während sich im Osten ein Bogen des Heiligen Altars befand. Die Kirche wurde wahrscheinlich während der zweiten arabischen Invasion im Jahr 653 n. Chr. Zerstört, eine Hypothese, die durch die arabischen Inschriften auf den Säulen gestützt wurde. Während des Aufenthalts der Araber in Paphos erlitt das Gebäude umfangreiche Schäden, da es von den Invasoren für verschiedene andere Zwecke genutzt wurde. Leider wurde unter anderem der mit bunten Mosaiken reich verzierte Boden zerstört und ist bis heute stark fragmentiert.

Später, wahrscheinlich im frühen 8. Jahrhundert, nach dem Rückzug der arabischen Truppen (680 N. CHR.), wurde auf den Ruinen der ersten Kirche eine dreischiffige gewölbte Basilika gebaut, aber kleiner als das original. Nach den Aussagen des hl. Neophytos wurde diese Kirche 1159 nach einem verheerenden Erdbeben, das Paphos traf, eingeebnet.