המרינה שוקקת החיים כיום, הממוקמת בחופה הדרום-מערבי של העיר, בנויה על אחד הנמלים העתיקים ביותר באי וכנראה הייתה המרינה גדולה ביותר בקפריסין ההלניסטית. היא ידועה גם כנמל שממנו הפליג פאולוס השליח כשעזב את האי, והמשיך בסיורו להפצת הנצרות.

בנייתו מיוחסת למלך ניקוקלס המלך האחרון של פאפוס ומתוארכת ככל הנראה, לשנים הראשונות לבניית פאפוס החדשה. הוא היה גדול בהרבה מהנמל שאנו רואים כיום, והגיע צפונה לטירת 'ארבעים העמודים' הביזנטית. על פי התקנים האגאים, הנמל היה בצורת אגן סגור עם מתחם מבוצר, שהיווה חלק מחומותיה של העיר העתיקה. הכניסה לנמל הוקפה על ידי שני מגדלים, שניתן למצוא את שרידיהם כיום במגדל הפרנקי ובטירת ימי הביניים. בתפיסה הרווחת עד כה, הנמל התחלק באופן פנימי לשלושה חלקים היוצרים שלושה אגנים. מתוכם, הנמל המערבי ששימש לספינות מלחמה ואילו השניים האחרים ששירתו לצורך פעילויות מסחריות ובניית ספינות.

מבחינת היסטורית, הנמל שגשג בתקופה ההלניסטית והרומית. עם זאת, לאחר רעידות האדמה של המאה ה-4 לספירה, הוא סבל מאסונות כבדים, כמו גם שאר העיר העתיקה, שהחלה לדאוך בהדרגה ובמהירות בתקופת פלישות הערבים במאה ה- 7 לספירה. כמה מאות שנים לאחר מכן, התקופת הלוציאנית (1192-1498) ציינה עידן חדש עבור הנמל, שהפך למקום חנייה עבור מטיילים מהמערב לכיוון ארץ הקודש. הלוסיניאנים שדרגו את מתקני הנמל, חיזקו את חומות העיר ובנו מחדש את המצודה הביזנטית, שהידועה כיום בשמה, 'ארבעים העמודים'. לאחר רעידת האדמה בשנת 1222 לספירה וההרס מוחלט שגרמה, נבנה מבצר חדש בגדה המערבית של הנמל, לו ניבנו תוספות רבות במהלך הכיבוש הוונציאני ואף בנייה מחודשת במהלך הכיבוש הטורקי.

כיום נמל פאפוס, הממוקם בחלק המערבי של העיר העתיקה, הוא אחד המקומות הקוסמופוליטיים ביותר בעיר, במיוחד בקיץ בו הוא שוקק חיים. בתי המרזח והקפיטריות של אזור הטיילת מלאים באנשים שנהנים מאוכל או משקאות ליד הים. עבור היותר הרפתקנים, סירות המרינה מציעות חקר הריסות קדומות וחיים עשירים מתחת למים.