В порту Неа (Новый) Пафос, недалеко от средневекового замка, притаились руины раннехристианской базилики, датируемой концом IV — началом V века. Она принадлежит к архитектурному типу трехнефной базилики, с притвором в западном крыле и аркой святого алтаря на востоке. Предположительно, церковь была разрушена во время второго арабского вторжения в 653 году н. э.. Эта гипотеза подкрепляется гравированными арабскими надписями на ее колоннах. Во время пребывания арабов в Пафосе здание сильно пострадало, будучи использованным захватчиками для различных бытовых нужд. К сожалению, помимо прочих разрушений богато украшенный разноцветной мозаикой пол был также сильно поврежден, и до наших дней сохранились лишь его небольшие фрагменты.

Позже, вероятно, в начале VIII столетия, после вывода арабских войск (680 г. н.э.), на руинах первой церкви была построена сводчатая базилика с тремя приделами, уступавшая оригиналу в размерах. По свидетельству Святого Неофита, эта церковь сровнялась с землей 1159 году после разрушительного землетрясения в Пафосе.